MANIFEST.in
setup.cfg
setup.py
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MDTraj/compatibility.py
MDTraj/hdf5.py
MDTraj/io.py
MDTraj/mdcrd.py
MDTraj/netcdf.py
MDTraj/rmsd.py
MDTraj/topology.py
MDTraj/trajectory.py
MDTraj/version.py
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MDTraj/binpos/binpos.pyx
MDTraj/binpos/binposlib.pxd
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MDTraj/binpos/include/largefiles.h
MDTraj/binpos/include/molfile_plugin.h
MDTraj/binpos/include/vmdplugin.h
MDTraj/binpos/src/binposplugin.c
MDTraj/dcd/dcd.c
MDTraj/dcd/dcd.pyx
MDTraj/dcd/dcdlib.pxd
MDTraj/dcd/include/dcdplugin.h
MDTraj/dcd/include/endianswap.h
MDTraj/dcd/include/fastio.h
MDTraj/dcd/include/largefiles.h
MDTraj/dcd/include/molfile_plugin.h
MDTraj/dcd/include/vmdplugin.h
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MDTraj/geometry/__init__.py
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MDTraj/geometry/src/_geometry.c
MDTraj/geometry/src/_geometry.pyx
MDTraj/geometry/src/geometry.c
MDTraj/geometry/src/sasa.c
MDTraj/geometry/test/test_alignment.py
MDTraj/geometry/test/test_distance.py
MDTraj/geometry/test/test_geometry.py
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MDTraj/geometry/test/test_sasa.py
MDTraj/pdb/README.md
MDTraj/pdb/__init__.py
MDTraj/pdb/element.py
MDTraj/pdb/pdbfile.py
MDTraj/pdb/pdbstructure.py
MDTraj/pdb/test_pdb.py
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MDTraj/pdb/data/residues.xml
MDTraj/reporters/__init__.py
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MDTraj/rmsd/README.md
MDTraj/rmsd/_rmsd.c
MDTraj/rmsd/_rmsd.pyx
MDTraj/rmsd/include/msvccompat.h
MDTraj/rmsd/include/sse_swizzle.h
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MDTraj/rmsd/src/theobald_rmsd.c
MDTraj/testing/__init__.py
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MDTraj/testing/nosetester.py
MDTraj/testing/testing.py
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MDTraj/testing/reference/4K6Q.pdb
MDTraj/testing/reference/4waters.arc
MDTraj/testing/reference/4waters.pdb
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MDTraj/testing/reference/frame0.h5
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MDTraj/testing/reference/frame0.nc
MDTraj/testing/reference/frame0.pdb
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MDTraj/testing/reference/multiframe.pdb
MDTraj/testing/reference/native.pdb
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MDTraj/testing/reference/native2.xml
MDTraj/testing/reference/traj.h5
MDTraj/tests/__init__.py
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MDTraj/tests/test_hdf5.py
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MDTraj/tests/test_mdcrd.py
MDTraj/tests/test_netcdf.py
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MDTraj/tests/test_rmsd.py
MDTraj/tests/test_topology.py
MDTraj/tests/test_trajectory.py
MDTraj/tests/test_trr.py
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MDTraj/tests/test_xtc.py
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MDTraj/utils/__init__.py
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MDTraj/utils/delay_import.py
MDTraj/utils/ffi.py
MDTraj/utils/six.py
MDTraj/utils/test.py
MDTraj/utils/unit.py
MDTraj/utils/unitcell.py
MDTraj/xtc/trr.c
MDTraj/xtc/trr.pyx
MDTraj/xtc/trrlib.pxd
MDTraj/xtc/xdrlib.pxd
MDTraj/xtc/xtc.c
MDTraj/xtc/xtc.pyx
MDTraj/xtc/include/Makefile.am
MDTraj/xtc/include/Makefile.in
MDTraj/xtc/include/xdrfile.h
MDTraj/xtc/include/xdrfile_trr.h
MDTraj/xtc/include/xdrfile_xtc.h
MDTraj/xtc/src/README
MDTraj/xtc/src/trr2xtc.c
MDTraj/xtc/src/xdrfile.c
MDTraj/xtc/src/xdrfile_c_test.c
MDTraj/xtc/src/xdrfile_trr.c
MDTraj/xtc/src/xdrfile_xtc.c
examples/example_clustering.py
examples/example_openmm.py
examples/example_pca.py
examples/example_ramachandran.py
examples/example_rmsd.py
mdtraj.egg-info/PKG-INFO
mdtraj.egg-info/SOURCES.txt
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mdtraj.egg-info/entry_points.txt
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scripts/__init__.py
scripts/mdconvert.py
scripts/mdinspect.py