LICENSE
MANIFEST.in
README.md
pyproject.toml
setup.cfg
src/frame2seq/Frame2seqRunner.py
src/frame2seq/__init__.py
src/frame2seq.egg-info/PKG-INFO
src/frame2seq.egg-info/SOURCES.txt
src/frame2seq.egg-info/dependency_links.txt
src/frame2seq.egg-info/requires.txt
src/frame2seq.egg-info/top_level.txt
src/frame2seq/model/Frame2seq.py
src/frame2seq/model/__init__.py
src/frame2seq/model/edge_update.py
src/frame2seq/openfold/__init__.py
src/frame2seq/openfold/config.py
src/frame2seq/openfold/data/__init__.py
src/frame2seq/openfold/data/data_modules.py
src/frame2seq/openfold/data/data_pipeline.py
src/frame2seq/openfold/data/data_transforms.py
src/frame2seq/openfold/data/errors.py
src/frame2seq/openfold/data/feature_pipeline.py
src/frame2seq/openfold/data/input_pipeline.py
src/frame2seq/openfold/data/mmcif_parsing.py
src/frame2seq/openfold/data/parsers.py
src/frame2seq/openfold/data/templates.py
src/frame2seq/openfold/data/tools/__init__.py
src/frame2seq/openfold/data/tools/hhblits.py
src/frame2seq/openfold/data/tools/hhsearch.py
src/frame2seq/openfold/data/tools/jackhmmer.py
src/frame2seq/openfold/data/tools/kalign.py
src/frame2seq/openfold/data/tools/utils.py
src/frame2seq/openfold/model/__init__.py
src/frame2seq/openfold/model/dropout.py
src/frame2seq/openfold/model/embedders.py
src/frame2seq/openfold/model/evoformer.py
src/frame2seq/openfold/model/heads.py
src/frame2seq/openfold/model/model.py
src/frame2seq/openfold/model/msa.py
src/frame2seq/openfold/model/outer_product_mean.py
src/frame2seq/openfold/model/pair_transition.py
src/frame2seq/openfold/model/primitives.py
src/frame2seq/openfold/model/structure_module.py
src/frame2seq/openfold/model/structure_module_attn_figs.py
src/frame2seq/openfold/model/template.py
src/frame2seq/openfold/model/torchscript.py
src/frame2seq/openfold/model/triangular_attention.py
src/frame2seq/openfold/model/triangular_multiplicative_update.py
src/frame2seq/openfold/np/__init__.py
src/frame2seq/openfold/np/protein.py
src/frame2seq/openfold/np/residue_constants.py
src/frame2seq/openfold/np/relax/__init__.py
src/frame2seq/openfold/np/relax/amber_minimize.py
src/frame2seq/openfold/np/relax/cleanup.py
src/frame2seq/openfold/np/relax/relax.py
src/frame2seq/openfold/np/relax/utils.py
src/frame2seq/openfold/resources/__init__.py
src/frame2seq/openfold/utils/__init__.py
src/frame2seq/openfold/utils/argparse.py
src/frame2seq/openfold/utils/callbacks.py
src/frame2seq/openfold/utils/checkpointing.py
src/frame2seq/openfold/utils/chunk_utils.py
src/frame2seq/openfold/utils/exponential_moving_average.py
src/frame2seq/openfold/utils/feats.py
src/frame2seq/openfold/utils/import_weights.py
src/frame2seq/openfold/utils/logger.py
src/frame2seq/openfold/utils/loss.py
src/frame2seq/openfold/utils/lr_schedulers.py
src/frame2seq/openfold/utils/precision_utils.py
src/frame2seq/openfold/utils/rigid_utils.py
src/frame2seq/openfold/utils/script_utils.py
src/frame2seq/openfold/utils/seed.py
src/frame2seq/openfold/utils/superimposition.py
src/frame2seq/openfold/utils/suppress_output.py
src/frame2seq/openfold/utils/tensor_utils.py
src/frame2seq/openfold/utils/trace_utils.py
src/frame2seq/openfold/utils/validation_metrics.py
src/frame2seq/openfold/utils/kernel/__init__.py
src/frame2seq/openfold/utils/kernel/attention_core.py
src/frame2seq/trained_models/model1.ckpt
src/frame2seq/trained_models/model2.ckpt
src/frame2seq/trained_models/model3.ckpt
src/frame2seq/utils/__init__.py
src/frame2seq/utils/design.py
src/frame2seq/utils/featurize.py
src/frame2seq/utils/parse.py
src/frame2seq/utils/pdb2input.py
src/frame2seq/utils/place_ideal_atoms.py
src/frame2seq/utils/pred2output.py
src/frame2seq/utils/protein.py
src/frame2seq/utils/residue_constants.py
src/frame2seq/utils/rigid_utils.py
src/frame2seq/utils/score.py
src/frame2seq/utils/util.py