COPYING
README.md
pyproject.toml
setup.cfg
setup.py
src/coptr/__init__.py
src/coptr/bam_processor.py
src/coptr/cli.py
src/coptr/compute_read_counts.py
src/coptr/compute_rel_abun.py
src/coptr/coptr_contig.py
src/coptr/coptr_ref.py
src/coptr/poisson_pca.py
src/coptr/read_assigner.py
src/coptr/read_mapper.py
src/coptr/util.py
src/coptr.egg-info/PKG-INFO
src/coptr.egg-info/SOURCES.txt
src/coptr.egg-info/dependency_links.txt
src/coptr.egg-info/entry_points.txt
src/coptr.egg-info/requires.txt
src/coptr.egg-info/top_level.txt
src/coptr.egg-info/zip-safe
test/test_bam_processor.py
test/test_coptr.py