LICENSE
MANIFEST.in
README.md
requirements.txt
setup.cfg
setup.py
linkageMapper/Pipeline.py
linkageMapper/__init__.py
linkageMapper/compareHeatmap.py
linkageMapper/detectMutations.py
linkageMapper/evaluateRecombinator.py
linkageMapper/fetchDataNCBI.py
linkageMapper/graphic.py
linkageMapper/initializePrimerFile.py
linkageMapper/logo.py
linkageMapper/makeMultifasta.py
linkageMapper/matrixAnalysis.py
linkageMapper/primerFinder.py
linkageMapper/pyrMapper.py
linkageMapper/resultFileStructure.py
linkageMapper/tcairo.py
linkageMapper/updateAmpliconScores.py
linkageMapper/walkChromosomeResult.py
linkageMapper.egg-info/PKG-INFO
linkageMapper.egg-info/SOURCES.txt
linkageMapper.egg-info/dependency_links.txt
linkageMapper.egg-info/entry_points.txt
linkageMapper.egg-info/requires.txt
linkageMapper.egg-info/top_level.txt
linkageMapper/Database/StrainNames.py
linkageMapper/Database/__init__.py
linkageMapper/Database/annotationManager.py
linkageMapper/DrawGraphics/__init__.py
linkageMapper/DrawGraphics/drawTree.py
linkageMapper/DrawGraphics/geneGraphs.py
linkageMapper/PrimerEngine/GeneticEntities.py
linkageMapper/PrimerEngine/PrimerDock.py
linkageMapper/PrimerEngine/RFLPMarker.py
linkageMapper/PrimerEngine/__init__.py
linkageMapper/PrimerEngine/ampliconSanity.py
linkageMapper/PrimerEngine/bruteForcePrimerSearch.py
linkageMapper/skdistance/__init__.py
linkageMapper/skdistance/_anosim.py
linkageMapper/skdistance/_base.py
linkageMapper/skdistance/_bioenv.py
linkageMapper/skdistance/_mantel.py
linkageMapper/skdistance/_permanova.py
linkageMapper/skdistance/_permdisp.py
linkageMapper/walkChromosome/MatrixPlot.py
linkageMapper/walkChromosome/__init__.py
linkageMapper/walkChromosome/alignmentData.py
linkageMapper/walkChromosome/dissimilarityCluster.py
linkageMapper/walkChromosome/ideogram.py
linkageMapper/walkChromosome/mapBar.py
linkageMapper/walkChromosome/matrixOperations.py
linkageMapper/walkChromosome/plotViewport.py